La politique de l'administration fiscale se serait-elle durcie à l'égard des sociétés bénéficiaires du crédit d'impôt recherche (CIR) ? Selon une étude du cabinet de conseil Lowendalmasaï, réalisée auprès de 4.000 entreprises et publiée aujourd'hui sur Lesechos.fr, les contrôles fiscaux ont augmenté de 67 % au cours des dix-huit derniers mois. « Nous avons cherché à savoir si l'Etat ne prend pas d'une main ce qu'il donne de l'autre », explique Hervé Estampes, responsable du département management et financement de l'innovation chez Lowendalmasaï. « Nous avons été frappés par cette forte progression car, dans notre première enquête en mars 2010, nous avions constaté à l'inverse qu'ils étaient peu nombreux. Mais nous savions que le contrôle deviendrait central dans ce système fiscal déclaratif », souligne-t-il. Du côté de la Direction générale des finances publiques, on répond qu'il n'y a pas de focalisation particulière sur le CIR, qui fait partie des critères objectifs pris en compte lors des contrôles.

Il faut reconnaître que le CIR français est considéré comme le plus attractif au monde. Surtout depuis la réforme de 2008 qui a vu son enveloppe budgétaire grimper de 1,682 milliard d'euros en 2007 à 4,812 milliards en 2010 et 4,957 milliards en 2011. Le dernier bilan publié par le ministère de la Recherche en juin dénombrait 15.800 entreprises bénéficiaires du CIR au titre des dépenses de R &D réalisées en 2009, soit une hausse de 60 % en l'espace de deux ans. « Tout le monde s'accorde à dire que ce dispositif ne devrait pas dépasser les 20.000 bénéficiaires et on peut les estimer aujourd'hui à 18.000. Son évaluation prévue en 2013 sera d'autant plus pertinente », selon Hervé Estampes. De fait, le CIR a prouvé son réel effet de levier sur les dépenses de R&D qu'il a permis de maintenir, voire d'augmenter, en dépit de la crise. En montant, 47 % des sociétés sondées ont déclaré un CIR compris entre 100.000 et 2 millions d'euros, un seuil dépassé par 30 % du panel.

Selon cette étude, environ un tiers des entreprises ont aussi constaté que les contrôles fiscaux sont devenus plus lourds et rigoureux, avec le passage en revue par les experts du ministère de l'intégralité de la documentation technique justificative des montants déclarés au titre du CIR. Plus précisément, la vigilance semble accrue sur deux postes : les dépenses de personnel pour 72 % des sociétés contrôlées et les dépenses de sous-traitance pour 26 %.

Impact limité

Paradoxalement, l'impact du contrôle fiscal reste encore limité. « Si un tiers des entreprises bénéficiaires ont fait l'objet d'une proposition de rectification, moins de 10 % sont finalement redressées et, dans 8 cas sur 10, pour un montant inférieur à 5 % du CIR déclaré », souligne le dirigeant de Lowendalmasaï, ajoutant : « Si un contrôle efficace est nécessaire pour garantir la pérennité du dispositif, les petites entreprises n'ont pas vraiment les moyens de se défendre en cas de litige. »

Quoi qu'il en soit, il est désormais acquis que la majorité des sociétés françaises s'est organisée autour du CIR. Malgré des difficultés rencontrées en interne pour constituer les dossiers nécessaires, 71 % des bénéficiaires sont des PME de moins de 250 salariés (chiffres de 2009). « Le CIR est devenu davantage qu'un dispositif fiscal. Il produit un effet vertueux et profitable à long terme, car il aide les sociétés à structurer leurs activités de R&D », estime le responsable.